В 1995 году УлГТУ занимался гуманитаризацией инженерного образования. Приветствовались идеи об открытии междисциплинарных специальностей. Примером такой специальности стала Прикладная информатика в экономике, т.к. выпускники получали двойную специальность: инженер-экономист.

С идеей об открытии такой специальности выступили декан ФИСТ Никищенков Игорь Александрович и доцент кафедры «Вычислительная техника» Ярушкина Надежда Глебовна. Для этого на кафедре «Вычислительная техника» был создан цикл «Информационные системы в экономике». Заведовать циклом стала доцент Ярушкина Н.Г. В 1995 году был сделан первый набор студентов на цикл.

По мере развития цикла стало очевидно необходимость создания самостоятельной кафедры, которая была создана по приказу ректора 30 сентября 1997г.

С 2020 года осуществляется подготовка магистрантов по программе "Биоинформатика и системная биология".

В 2022 году впервые был осуществлен набор студентов для обучения по магистерским программам в сфере искусственного интеллекта: направление "Программная инженерия (Искусственный интеллект и предиктивная аналитика)" и "Прикладная информатика (Искусственный интеллект и бизнес-аналитика)".